Тихое местечко в регионе Джото, где протекают кристально-чистые реки, возвышаются могучие горы. Мьюту и его друзья супер-клоны покемонов наконец-то нашли место, где они смогут жить, жить в тишине и покое, в далеке от суровых законов человечества, от ненависти и зла. В превом полнотражном фильме «Pokemon The First Movie» удалил из памяти людей всё воспиминания о своей битве с Мью, о битве клонов. Лишь одного человека обошла эта участь — Джованни, босса команды Р, породившего Мьюту. Джованни отыскал это убежище Мьюту. К счастью, это убежище нашли и Эш, Пикачу и их друзья. Но Джованни противостоял Мьюту при помощи мучительной битвы: либо Мьюту подчиняется ему, либо все клоны будут уничтожены. Похоже, что исход тотальной войны определён, но изумительный эффект от их окружающей обстановки превратил всё это в игру… передавая судьбу Мьюту в руки Эша...